超过90天提出重大误解，需具体分析是否丧失撤销权。依据《民法典》，重大误解可请求撤销，但超过一定期限可能丧失该权利，导致合同继续有效，可能承受不利后果。
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处理重大误解常见方式有协商、诉讼或仲裁。应先尝试与对方协商；协商不成时，根据具体情况选择向法院提起诉讼或申请仲裁，以维护自身权益。