村民自发组织的签字效力需具体分析。依据相关法律规定，涉及村集体利益的协议需加盖村委会公章或经村委表决。《村民委员会组织法》等规定了村民集体决策的程序，未经合法程序可能影响协议效力，甚至导致协议无效。
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处理村民签字效力问题，常见方式有确认签字主体、审查协议内容、核实是否经过合法程序。如为个人协议，确认个人身份即可；如涉及村集体，则需查证是否加盖公章或经村委同意，以选择合适处理方式。
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村民签字效力视情况而定。具体操作：1.个人协议，确认签字人身份及意愿真实；2.村集体协议，需查证是否加盖村委会公章，或经村委表决同意；3.如未经合法程序，应尽快补正，以免影响协议法律效力。