两家店铺申请烟草证需遵循烟草专卖法规定。分析：根据烟草专卖法，申请烟草专卖零售许可证需具备合法经营资格、固定经营场所等条件。两家店铺需分别向当地烟草专卖局提交申请，包括经营者的身份证明、经营场所证明等必要材料。烟草专卖局将审核申请材料，并实地考察经营场所，决定是否发放许可证。提醒：若申请遭拒或遇其他严重问题，如被指控非法销售烟草，应及时寻求法律帮助。
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处理方式：从法律角度，两家店铺申请烟草证主要有两种常见方式：一是直接前往当地烟草专卖局提交书面申请；二是通过烟草专卖局官方网站在线申请。选择建议：若店铺经营者对申请流程不熟悉，或需要更快捷的办理方式，建议选择在线申请；若希望获得更详细的指导，或遇到特殊情况需要解释，可直接前往烟草专卖局咨询并提交申请。
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具体操作：1. 准备材料：包括经营者的身份证明（如身份证、营业执照等）、经营场所证明（如租赁合同、房产证等）、以及烟草专卖局要求的其他必要材料。2. 提交申请：可选择直接前往烟草专卖局提交书面申请，或通过烟草专卖局官方网站在线填写并提交申请。3. 等待审核：烟草专卖局将对申请材料进行审核，并可能实地考察经营场所。在此期间，店铺经营者需保持联系方式畅通，以便烟草专卖局随时联系。4. 领取许可证：若申请通过，烟草专卖局将通知店铺经营者领取烟草专卖零售许可证。若申请遭拒，店铺经营者可申请复议或提起行政诉讼。