公司直接以自动离职处理可能不合法。依据《劳动法》，员工请假后公司需按流程处理，不能直接视为自动离职。若公司违规操作，可能影响员工权益，如工资、社保等受损。
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对此情况，你可先与公司沟通，要求提供自动离职的依据。若沟通无果，可申请劳动仲裁或诉讼。选择方式需根据具体情况，如证据充分度、个人诉求等决定。
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公司处理不合法。应对方式：1.收集证据，如请假记录、通话录音等；2.与公司人事沟通，要求给出合理解释；3.若公司不理，向劳动仲裁委申请仲裁；4.必要时，可提起诉讼维护权益。